研究院設立“學術委員會”，聘任國內外著名經濟學家與管理學家為學術委員會成員；設立“顧問委員會”，邀請國家有關部委及陜西省政府有關部門的領導組成顧問委員會。研究院充分利用民營機制，廣泛聘任國內外知名專家學者、企業家為研究院兼職研究員。
現有業務主要涵蓋區域理論研究、區域發展規劃、政府決策咨詢三大領域，涉及區域戰略規劃、園區發展規劃、產業專項規劃、移民搬遷規劃、“一帶一路”建設、城鄉發展一體化、精準扶貧第三方評估七大重點方向。
研究院的決策機構為理事會，理事會下設院長，執行機構設有三大部門，即業務部、財務部和綜合部（院長辦公室），業務部包含區域、產業、園區、城鄉、旅游、企業六個規劃子部門，綜合部包含人力資源和行政管理兩個子部門。
